squid selbst führt die Filterung nicht durch; dieser Arbeitsgang wird an squidGuard delegiert. Ersteres muss dann so konfiguriert werden, dass es mit letzterem zusammenarbeitet. Hierzu wird folgende Anweisung zur Datei /etc/squid/squid.conf hinzugefügt:

redirect_program /usr/bin/squidGuard -c /etc/squid/squidGuard.conf

Das CGI-Programm /usr/lib/cgi-bin/squidGuard.cgi muss ebenfalls installiert werden, wobei die Datei /usr/share/doc/squidguard/examples/squidGuard.cgi.gz als Ausgangspunkt dient. In diesem Skript müssen die Variablen $proxy und $proxymaster angepasst werden (der Name des Proxy und die E-Mail-Adresse des Administrators). Die Variablen $image und $redirect sollten auf bestehende Abbilder zeigen, die die Ablehnung einer Anfrage darstellen.

Der Filter wird mit dem Befehl /etc/init.d/squid reload aktiviert. Da das Paket squidguard jedoch nicht standardmäßig Filterungen durchführt, ist es Aufgabe des Administrators, die Richtlinien festzulegen. Dies kann durch Anpassung der Datei /etc/squid/squidGuard.conf geschehen.

Die aktive Datenbank muss nach jeder Änderung der Konfigurationsdatei squidGuard (oder einer der Domain- beziehungsweise URL-Listen, die sich auf sie beziehen) mit dem Befehl update-squidguard aktualisiert werden. Die Syntax der Konfigurationsdatei ist auf der folgenden Website dokumentiert: http://www.squidguard.org/Doc/configure.html