Es gibt in einem Rechner zwei Zeitquellen. Die Hauptplatine eines Rechners verfügt über eine Hardware-Uhr, die sogenannte „CMOS-Uhr“. Diese Uhr ist nicht sehr genau und bietet nur recht langsame Zugriffszeiten. Der Kernel des Betriebssystems hat seine eigene Uhr, die sogenannte Software-Uhr, die mit ihren eigenen Mitteln richtig eingestellt bleibt (möglicherweise mit Hilfe von Zeitservern, siehe Abschnitt „Zeitsynchronisierung“). Diese System-Uhr ist normalerweise genauer, vor allem da sie keinen Zugang zu Hardware-Variablen benötigt. Da sie jedoch nur im Arbeitsspeicher existiert, wird sie bei jedem Hochfahren des Rechners auf Null zurückgesetzt im Gegensatz zur CMOS-Uhr, die über eine Batterie verfügt und daher den Neustart oder das Abschalten des Rechners „überlebt“. Die System-Uhr wird daher während des Hochfahrens von der CMOS-Uhr gestellt, und die CMOS-Uhr während des Abschaltens aktualisiert (um mögliche Änderungen oder Korrekturen zu berücksichtigen, falls sie falsch eingestellt war).

In der Praxis entsteht ein Problem, da die CMOS-Uhr lediglich ein Zähler ist und keinerlei Informationen zur Zeitzone enthält. Bezüglich ihrer Interpretation ist daher eine Entscheidung zu treffen: entweder geht das System davon aus, dass sie in Weltzeit (UTC, früher GMT) läuft, oder in Ortszeit. Diese Entscheidung könnte zu einer einfachen Verschiebung führen, in Wirklichkeit sind die Dinge jedoch etwas komplizierter: aufgrund der Sommerzeit ist dieser Versatz nicht konstant. Daher hat das System keine Möglichkeit zu entscheiden, ob der Versatz korrekt ist, insbesondere nicht zu Zeiten der Zeitumstellung. Da es immer möglich ist, die Ortszeit aus der Weltzeit und der Information über die Zeitzone abzuleiten, empfehlen wir nachdrücklich, die CMOS-Uhr in Weltzeit zu verwenden.

Leider ignorieren Windows-Systeme in ihrer Standardeinstellung diese Empfehlung; sie halten die CMOS-Uhr auf Ortszeit und wenden beim Hochfahren des Rechners Zeitveränderungen an, indem sie zu Zeiten einer Zeitumstellung schätzen, ob die Umstellung bereits stattgefunden hat oder noch nicht. Dies funktioniert solange relativ gut, wie auf dem System nur Windows läuft. Wenn ein Rechner jedoch mehrere Systeme hat (ob dies nun eine „Dual-Boot“-Konfiguration ist oder andere Systeme als virtuelle Rechner laufen), entsteht Chaos ohne eine Möglichkeit zu entscheiden, ob die Zeit korrekt ist. Falls Sie Windows unbedingt auf einem Rechner behalten müssen, sollten Sie ihn entweder so einstellen, dass er die CMOS-Uhr auf UTC eingestellt hält, oder auf dem Debian-System UTC in der Datei /etc/default/rcS deaktivieren (und sicherstellen, dass Sie Ihre Uhr im Frühjahr und Herbst von Hand umstellen).