Der nächste Schritt besteht darin, den Kernel Ihren Bedürfnissen entsprechend zu kompilieren. Das genaue Vorgehen hängt von den Zielen ab.

Wenn eine neuere Version des Kernels (möglicherweise mit einem zusätzlichen Patch) rekompiliert wird, wird die Konfigurierung höchstwahrscheinlich möglichst nah an der von Debian vorgeschlagenen gehalten werden. In diesem Fall, und anstatt alles von Grund auf neu zu konfigurieren, genügt es, die Datei /boot/config-version (die Version entspricht der des zur Zeit verwendeten Kernels, die mit dem Befehl uname -r gefunden werden kann) in eine Datei namens .config im Verzeichnis, das die Kernelquellen enthält, zu kopieren.

$ cp /boot/config-2.6.32-5-686 ~/kernel/linux-source-2.6.32/.config

Falls Sie die Konfiguration nicht zu ändern brauchen, können Sie hier aufhören und zum nächsten Abschnitt springen. Falls Sie sie dagegen ändern müssen, oder falls Sie sich dazu entschließen, alles von Grund auf neu zu konfigurieren, müssen Sie sich die Zeit nehmen, Ihren Kernel zu konfigurieren. Es gibt in dem Verzeichnis mit den Kernelquellen mehrere speziell hierfür vorgesehene Schnittstellen, die mit dem Aufruf des Befehls make ziel verwendet werden können, wobei ziel einer der unten beschriebenen Werte ist.

make menuconfig kompiliert eine Schnittstelle im Textmodus und führt sie aus (an dieser Stelle ist das Paket libncurses5-dev erforderlich), die es ermöglicht, durch die in einer hierarchischen Struktur verfügbaren Optionen zu navigieren. Ein Druck auf die Leer-Taste ändert den Wert der ausgewählten Option, und Enter bestätigt die am unteren Bildschirmrand ausgewählte Schaltfläche; Select geht zum ausgewählten Untermenü zurück; Exit schließt den aktuellen Bildschirm und kehrt aufwärts in die Hierarchie zurück; Help zeigt ausführlichere Informationen zur Rolle der ausgewählten Option an. Mit den Pfeiltasten ist es möglich, sich innerhalb der Liste von Optionen und Schaltflächen zu bewegen. Um das Konfigurierungsprogramm zu verlassen, wählt man Exit im Hauptmenü. Das Programm bietet dann an, die vorgenommenen Änderungen zu speichern; nehmen Sie diesen Vorschlag an, wenn Sie mit Ihrer Auswahl zufrieden sind.

Andere Schnittstellen verfügen über ähnliche Merkmale, arbeiten jedoch mit moderneren grafischen Schnittstellen, wie zum Beispiel make xconfig, das eine grafische Schnittstelle auf der Basis von Qt verwendet, und make gconfig, das GTK+ benutzt. Ersteres erfordert libqt3-mt-dev, während Letzteres von libglade2-dev und libgtk2.0-dev abhängt.

Der im nächsten Absatz dargestellte Befehl make-kpkg führt make oldconfig selbsttätig aus, um zu gewährleisten, dass eine Kernelkonfigurierung vorhanden ist. Diese Konfigurierungsmethode verwendet einfach die in der Datei .config gespeicherten Auswahleinstellungen. Falls eine derartige Datei nicht vorhanden ist, verhält sie sich wie make config, eine Text-Schnittstelle, die alle Fragen (hunderte von ihnen) eine nach der anderen stellt. Falls die Datei .config zwar bereits vorhanden ist, aber nicht alle existierenden Optionen erwähnt, stellt diese Methode nur die Fragen, für die in der Datei keine Antwort gespeichert ist.